《大江大河2》根据阿耐所著小说《大江东去》改编，剧情延续第一季内容，以宋运辉、雷东宝、杨巡等人的际遇和奋斗历程，展现中国20世纪80年代末到90年代初经济领域的改革。
第1集
1988年初秋，宋运辉即将北上前往化工部东海项目筹备处报到。风传马上要下文压缩基建，东海项目有被叫停的风险，项目组技术出身的韩则钢主张尽快把他做的东海设计方案请部里专家论证后上报投资处，项目组主任马保平说部里的专家和领导的意见是等宋运辉到位，看过方案后再提交。宋运辉因完成金州技改扫尾工作晚了一些到东海项目组报到，此时国务院已正式下发通知压缩基建。
第2集
宋运辉终于见到了路小第，他向路小第陈述东海项目的优势和未来发展前景，却未能获得认同，路小第坚持批产量更大的滨城。宋运辉坚信东海作为新型企业，未来能发挥更大的优势。经老徐提点，他决定进行方案调整，顶着与全系统对着干的压力，绕开部里和路小第，通过经委科委等综合性部委进行单独报批，老马老韩也都加入进来。在项目组的共同努力下，东海项目保住了。
第3集
宋运辉来见闵忠生，说了老程退休的待遇问题，给程家这个扶不起的大儿子程千里办了调动，闵忠生却告诉他退休待遇是老程自己要求的，分析这是程家的苦肉计，他们担心越混越好的厂女婿宋运辉离开金州摆脱了他们的掌控，想让宋运辉觉得亏欠程家，这样以后才能替程家办事。宋运辉心寒，程开颜紧接着也提出要马上调去东海，宋运辉觉得程开颜变了，心中苦闷找寻建祥喝酒，大寻分析情况、劝解宋运辉，消解了他心中的阴霾。
第4集
小雷家铜厂建成投产，雷东宝到金州宋家看望，与宋运辉打电话，听说铜厂冒黑烟，宋运辉让雷东宝警惕，立刻采取措施掐灭黑烟，不惜停机。雷东宝回去路上来到春红饭店，得知韦春红生病，去医院看望，并把阳阳带回小雷家照顾几天。杨巡市场已挂靠在小雷家一年，市场整顿需要拿出出资证明，杨巡提出由他出钱经小雷家走一圈账来出证明，雷士根认为形势多变挂靠有风险，坚决反对，雷东宝坚持并把手续交给四眼去办。阳阳在小雷家和雷东宝相处很是愉快。
第5集
雷东宝接韦春红出院，在医院门口撞见了正在往医院运送伤员的小雷家人。原来是雷东宝和雷正明没有对宋运辉提醒的铜厂安全隐患引起足够重视，结果铜厂发生了爆炸，伤十数人，看到大伙儿的伤势，想到铜厂的损失，雷东宝愤怒又自责，当即赶去上海请专家。方平告诉宋运辉，要带着金州骨干们不做事，逼老马把宋运辉从码头调回来，保住他这个东海的技术核心
第6集
雷东宝回到小雷家，四眼告知杨巡提议再签一份私下的证明，证明市场的钱是杨巡自己出的，雷东宝想着铜厂的事顾不上其他，草草答应。士根听闻雷东宝给陈平原钱，劝他别开这个口子，有风险，雷东宝说出了事自己担着。禁运消息宣布，东海工作安排会议上，老马告知国外厂商毁约、进口设备买不进来的消息，众人震惊，东海项目到了最危急的时刻，会议调整为紧急会议，众人群策群力研究讨论走出困境的方案。
第7集
雷母反对雷东宝娶韦春红，藏起了户口本。雷东宝找士根办了新户口本，带韦春红登记结婚。再三思量，他终于张口将自己领证的消息告诉了宋运辉，宋运辉一时心中五味杂陈。路小第让东海去人汇报国产化替代方案，老马让宋运辉去，宋运辉做好被为难的准备到了北京，与周司长路小第的谈话却比想象中顺利很多，路小第还在替代方案的选择上支持他的倾向，二人一同说服周司定下了最有利于东海的方案。
第8集
杨巡回到市场，告诉租户们自己正在为市场跑出路，扩大经营范围，马上就能将紧俏的家用电器、进口电器进到扬子街卖，租金不会降，但会帮助大家光明正大赚更多钱，稳住了租户的心。杨巡和老贺季勇斗法，将老贺赶出了扬子街，留住了扬子街的租户们。小雷家还贷压力大电线回款慢，雷东宝开口找杨巡帮忙，要将登峰电线改为先付款后拿货，杨巡为难表示一时拿不出这么多钱，刚刚目睹了杨巡威风赶走老贺又收了一大笔租金的雷东宝动怒，觉得杨巡不真心待他。
第9集
东海化工一期工程顺利建成投产，设备全部实现国产化。宋运辉将水书记和岳父都请到了启动仪式上，并在厂区参观和座谈会上在老马前头向周司介绍一期建设生产情况，成为绝对主角，路小第也明显表示出对宋运辉的器重。部领导要求将东海二期设计规划提上日程，并进一步细化了东海领导班子分工，宋运辉被提为常务副厂长，成为东海的二把手。
第10集
宋运辉告诉程开颜晚上开会晚回，程开颜去东海送饭却没找到人，方平看情况不对主动帮宋运辉打掩护，程开颜心中更加疑惑委屈，回到家发现宋运辉骗她去开会是为了专程去市里的百货公司买指甲油给她，想给她惊喜，心中的情绪一扫而光。程开颜提出想把哥哥调至东海，宋运辉不太认可，程开颜觉得宋运辉不重视他，一点小事都不肯答应，宋运辉安抚开颜，人事调动不是他一人说了算，要找到一个合适的岗位安置程千里。
第11集
老马和老韩就码头和港机厂的人发生的摩擦召开紧急会议，靳长晓在会议上汇报了事情的前因后果，并将报告送交给宋运辉。老刘计算了东海二期设备如果以日本设备为主的预算，其大大超出了成本预期。程开颜被隋春凤评为先进，其他同事心中不满，隋春凤为其解围，两人关系愈发亲近。下班后程开颜给金州家里打电话没有人接，夫妻二人担心出事，正焦急不安时接到女儿电话，程母告诉他们小引生病刚康复，老程为了照顾孙女累病住院了。
第12集
隋春凤约程开颜带着爱人吃饭，宋运辉才知道隋春凤的爱人是靳长晓，心中不悦，告诉程开颜东海码头负责人竞争的情况，程开颜只觉隋大姐从未提及丈夫工作，未见得是有求于宋运辉。宋运辉发现隋春凤送程开颜的镯子价值不菲，让程开颜退回，程开颜被迫答应，实则心中不愿。隋春凤演戏并骗说镯子价签是假的之后，程开颜又瞒着宋运辉收下了镯子。
第13集
宋运辉找到老马如实说明镯子和码头采购订单的情况，请老马按规处理，靳长晓不能再用，东海码头是难得的深水良港，要充分利用，宋运辉再次建议向部里求援，要人管理码头。码头订单合同被紧急叫停，程千里和袁湘已经付定金进货，货砸在手里欠下十万，夫妇二人怨宋运辉搅黄了他们的好事儿，死皮赖脸将债压在了程家老两口身上，老程愤恨不已也只能卖家当、找老水借钱帮儿子还钱。
第14集
上级推荐的冯工到位，这位三十出头的女工程师务实能干，宋运辉认为提升码头级别、组建东海仓储分厂的时机已成熟，提议冯工任厂长，老韩反对，宋运辉推动领导班子投出了赞成票。老马与老韩谈话做思想工作，宋运辉在抓的东海二期设备引进成本远超预算，又是一次高难度挑战，老马让老韩做一个务实的方案，落实二期建设。
第15集
国荣公司总经理萧然背景深厚本领大，眼光长远。杨巡前去拜见萧然，一番交锋，咬牙以一百二十万拿下萧然推荐的东海未来规划中的交通枢纽地段准备做市场，两人达成合作，萧然看好杨巡。杨巡欲退掉自己最初拿下的地，想退得更顺利，于是找宋运辉帮忙向高局说情。宋运辉还杨巡帮他添置家具的钱、不收杨巡的礼物，答应帮他打个招呼，告诉他在东海出于情分自己能帮的会帮，但违反组织原则的事不干。
第16集
县里清理三角债，小雷家欠着债，而铜厂电线厂也被别人欠着还不上，新县长要完成清理任务，让雷东宝带头，先还一部分小雷家欠的债，雷东宝不干，县里封了小雷家银行账户逼他还钱，雷东宝再次找了陈平原摆平此事，但将事情做得很绝，弗了县长面子。杨巡想把市场从金州搬出来，需要雷东宝点头，知宋运辉也记挂雷东宝的情况，攒了和宋运辉雷东宝的三人饭局。
第17集
雷东宝行贿罪名坐实，因没有看到杨巡的市场出资证明，他让杨巡的市场挂靠在小雷家，还涉嫌侵吞集体资产。雷东宝在里面一个人揽下了所有责任，小雷家其他骨干被放出。杨巡来到小雷家，假借宋运辉的旗号让雷士根翻供承担罪责，还怀疑是雷士根藏起了他市场的出资证明，要陷他和雷东宝于死地，两人吵翻，杨巡也被调查组带走。
第18集
士根按不住红伟正明忠富，老猢狲撺掇士根彻底把罪过都推给东宝。宋运辉来到江阳了解小雷家的情况，确认除了行贿，雷东宝最关键的问题是涉嫌侵吞集体资产。杨巡在里面交代，跟小雷家签了一份能证明是他出资的合同，但调查组目前没有找到这份文件，必须要找到杨巡市场的出资证明，证明钱是由杨巡出的，才能为雷东宝洗清这项严重的罪责。
第19集
宋运辉回到东海，惊闻冯工提了辞职，急忙赶去码头，挽留住冯工。宋运辉找程开颜谈，告诉她因为她的无端猜疑私下去找冯工，已经对冯工造成骚扰，影响到了宋运辉的工作，程开颜不服，觉得自己所为并不过分，是冯工影响到了自己的家庭。宋运辉解释二人只是普通同事关系，程开颜不听，两人吵出的话都失了理智，宋运辉激动之下提出离婚。
第20集
宋运辉来到老徐家拜访，老徐请来了省里的领导，让宋运辉客观地从正反两面对他们讲讲雷东宝带领小雷家做的具体事情，宋运辉十分感激。交谈中，老徐肯定了宋运辉跟日本企业合资的思路。杨巡被放出来，东海市场的地块支付尾款在即，他顾不上其他，先赶到小雷家落实卖金州市场回款的事。
第21集
杨巡和韦春红在春红饭店新盘下的门面请红伟和正明吃饭，杨巡将自己市场的柜台便宜租给红伟和正明，货品可以随便卖，让两人赚干净钱，条件是留下来为东宝看好小雷家，看好电线厂和铜厂，两人答应。雷东宝的事情还没判，宋运辉想办法带了韦春红去探视，时隔多日雷东宝韦春红终于得以短暂相见，因为只准亲属探视，宋运辉和雷东宝没能见到面，两人都彼此牵挂。
第22集
重新组建起来的东海研发处旗开得胜，自行研发的第一个项目小试取得成功。部里下文由马厂长负责东海二期设备采购谈判，韩则钢已与日本厂商基本谈定，老马知这不是宋运辉想要的设备，从中调停，叮嘱老韩不要与宋运辉起冲突，以免耽误东海二期的进度。国家加快改革步伐的信号释出、春天即将到来，宋运辉下定决心，为了东海未来的发展，冒天下之大不韪，在厂务会上提出暂缓与日方签约，同步接触其他国外厂商，反对在当前采购方案上签字。
第23集
宋运辉宁愿放缓二期进度，执意叫停东海二期设备采购与日方签约，受人指摘，不只老马老韩有意见，也被工人们在背后戳脊梁骨，甚至连累程开颜，看到妻子受委屈，宋运辉心中不忍。 楚中天带着县里人来到扬子街，告诉杨巡县政府要收回市场管理权，抵小雷家欠下的银行贷款。楚中天知杨巡冤，但挂靠企业不合法，他只能按上级指示办事。
第24集
周司长来到东海厂视察，宋运辉向其汇报了东海一年的研发成果，周司认可东海二期与国际第一流的企业实现深化合作，大力支持宋运辉的想法。杨巡顺利卖掉金州市场，付款给萧然，满怀干劲儿地在东海改造厂房、盖市场。他办妥工商税务的注册手续，从各种日用百货的供货批发商着手为市场铺位招租。
第25集
杨巡赶在中秋节在东海市场办了场日用品展销会，场面红火热闹非凡，商户们第一天的生意都非常好，市场一下子打响了名声。程开颜来到东海市场，感谢杨巡之前出手帮助程千里。杨巡请程开颜帮忙牵线，认识了负责东海后勤的老高，让东海的元旦福利定在了杨巡的市场采购。东海市场势头良好，萧然提出和杨巡合作，两人谈定萧然以五成股份入股杨巡市场。
第26集
杨巡东海市场生意红火，但因要赶紧用刚从萧然处拿的地把市场二期三期建起来，仍然顾不上先还齐杨母帮他借的村里的钱，杨母胃疼愈发严重，却对杨巡说没关系。梁思申找宋运辉帮忙，想了解萧然的情况，宋运辉请杨巡讲给梁思申。为了结交有实力有背景的梁思申，杨巡专门跑到上海与梁思申见面，梁思申不俗的气质和举止深深吸引了杨巡。
第27集
韦春红和红伟去探视雷东宝，红伟提出要搞承包，雷东宝不赞成，点出搞了承包好处只有红伟一人拿，小雷家乡亲们跟着吃亏，红伟恼羞成怒告诉雷东宝，他惦记着小雷家，小雷家却没顾念他，村民们都在骂他，还把雷母赶出了村子，雷东宝心中悲凉难过。梁思申翻译了办公楼开发指导手册给父亲，希望对梁大和萧然的业务有帮助。她调整了赴东海的考察行程，自己比团队提前一天到达了东海。
第28集
在东海的考察工作中，外国同事不够配合，梁思申一个人埋头苦干，宋运辉建议她试着转变管理思路。梁思申反驳说自己与美国同事存在巨大的沟通隔阂，吉恩只给了她一周的时间进行资产核查，没有同事的帮助，梁思申一个人无论如何也做不出合格的投资报告。宋运辉与梁思申晚上在办公室交谈的场面被负责后勤接待的老曹撞见，默默记在了心里。
第29集
杨巡对梁思申动了心，梁思申直白表示自己无此心，杨巡却已不能自拔，梁思申提了在东海开星级酒店的主意，杨巡听完立刻就要做，想借此机会追到梁思申。四宝带施工队给小雷家铺路偷工减料，被红伟发现，赶出了施工队。正明也想学红伟搞承包，他和士根去探视雷东宝，正明说想承包铜厂电线厂，但一时交不出承包款，雷东宝建议正明把电线厂铜厂的责权下放给厂里的大学生们。
第30集
正明在扬子街电器市场有杨巡给的几节柜台，瞒着村里自己签单卖货。1993年，上海大搞招商引资，梁思申外公回到上海，了解上海发展情况，梁思申负责外公的接待，告诉外公如今改革开放中的上海已和以往大有不同，爷孙二人全程辩论交锋不停。杨巡赶到梁思申和外公上海所住酒店，约梁思申共进早餐，没想到碰到特地连夜赶到上海送可行性报告给她的萧然，梁思申反对梁大与萧然合作，对萧然话中带刺，萧然希望借机解开误会、打消梁思申的顾虑。
第31集
东海努力拿到了两千亩工业用地的批复，洛达董事会却反悔了，还提出了难以达成的新条件，让梁思申独自去通知东海，梁思申难以接受，在外公的提点下冷静下来，决定抓住东海的这种心理，希望他们做出让步。她回到东海召集开会，提出需要东海再次投入五百万美元的现金或者等价资产的条件，众人皆震惊。
第32集
宋运辉请梁思申吃饭给她送行，带程开颜和女儿同去，并邀请了杨巡到场，梁思申因觉得自己在谈判中伤了宋运辉而过意不去，请寻建祥一同到场当和事佬，担心宋运辉不信任自己，请大寻帮忙给宋运辉递上她回美国后的攻关步骤，梁思申有信心说服洛达董事会，想通过这份计划向宋运辉表达诚意。
第33集
经过核算，东海二期周边的公路成本不足洛达提出的五百万美金额度，宋运辉提出在码头增加一条输油管线，补齐成本造价。程父程母未和宋运辉通气，把东海的领导班子们请到家里吃饭，当场亮出写宋运辉和梁思申关系不当的举报信，把事情闹大，逼老马表态严查，宋运辉被这一出闹得脸色极其不好。送走老马老高，宋运辉同程家三口谈，自己问心无愧，
第34集
杨母来到杨巡的市场，杨巡带母亲参观，为她描绘美好蓝图，杨母发自肺腑地高兴，却也知道自己的身体状况来不及见证了。梁思申抱歉地告诉杨巡因为风险太高，自己不能借他外资牌照在东海做四星级酒店了，承认此前在宋运辉组织的饭局上答应杨巡合作是为了和宋运辉赌气，杨巡倍受打击，铁了心要靠自己的力量建四星酒店。
第35集
寻建祥将宋运辉建高级商场的提议告诉杨巡，杨巡热情被点燃，激动地要操办起来，并告诉寻建祥自己一定要追到梁思申，请大寻帮忙第二天把梁思申请到市场来。梁思申看破寻建祥意图，未等到第二天，当天就来到了东海市场，却碰到了来问杨巡要安置的任遐迩等针织厂女工们，一番理论和交锋后，杨巡答应女工们，买下针织厂的地后，会按照标准给安置费。
第36集
宋运辉不回家，程开颜也不跟老程回金州，程父程母去少年宫看小引，程开颜跟去，送女儿在少年宫学琴的宋运辉反复思索着合资事宜，突然有了通过码头加固改造冲抵增资预算的想法，急忙与冯工沟通。电话交代完听到吵闹声，宋运辉赶忙回到教室门口，却惊讶发现程家人已和被他们误解与宋运辉有不当关系的陶医生吵闹成一团，宋运辉抱女儿离开，程开颜提出要离婚。
第37集
杨巡正准备与梁思申签合约时接到妹妹电话，得知母亲患了癌症，失魂落魄。宋运辉出事，寻建祥紧急来找梁思申，要让梁思申回美国使得谈判无法进行从而解救宋运辉。杨巡拦住寻建祥，坚持要先完成和梁思申的签约，不惜与寻建祥动手，寻建祥不知杨巡难处，愤怒地要与他绝交。最终，杨巡面对梁思申时，还是直接告诉了她宋运辉出了事，寻建祥得知杨母患了癌症，心里堵得难受。
第38集
雷东宝得知宋运辉出事，让韦春红带话让宋运辉来见他，要让他知道世人都不认宋运辉他也当他是亲人。宋运辉带女儿去探望雷东宝，两人皆心中酸楚，也都被亲情温暖着，宋运辉终于在大哥面前将自己的委屈哭了出来，雷东宝告诉宋运辉不要灰心，一定能重新站起来，并告诉他自己减刑已获批准，近期就能出狱。
第39集
来到当年插队喂猪的地方，宋运辉向第一次来到农村的梁思申讲述了自己十五年间从山村走到东海化工厂的历程，告诉她就是想要让目前还贫困着的大部分的中国都富起来，国家才会不惜代价的坚持改革、坚持开放。东海这么努力地跟洛达合资，就是想把这个过程缩短，融入国际市场，自己不愿给合资带来任何阻碍。
