《沉默的真相》是一部把人性的恶描写得淋漓尽致的电视剧，整部剧情压抑，在观看主角们受苦受难甚至是死亡的时候，就更迫切需要法律的正义惩治恶人。
第1集
一名衣衫褴褛的神秘男子拖着一个沉重的行李箱，行色匆匆的进入地铁站。过安检的时候，工作人员将其拦下，他突然拉着行李狂奔起来。地铁门口，当被保安拦住，男人突然大喊一声：都退后，行李箱里有炸弹，十分钟后，七八辆警车火速赶到，几十个防暴警察手持盾牌，迅速组成一个弯月形战队，将男子围住。警方成功将其制服，开箱后发现里面竟然是一具尸体，审讯后，警察发现男子是江潭市知名律师张超，证据确凿，他也供认不讳。在法庭上，他却拿出完美的不在场证明，突然翻供。破案高手严良临危受命，加入专案组。他曾在东北破过震惊全国的雪人案，立了大功，也失去了孩子。如今他与妻子离婚，孑然一身，与狡黠的张超展开对决。
第2集
《江潭晚报》女记者张晓倩收到一封匿名信件，里面有一张局部照片，信里说想要玩一个“九宫格”的游戏，报社从现在开始起，每三天都会收到一张完整照片的九分之一，二十四天之后，九张照片拼在一起，江阳凶杀案就能真相大白，如果其中有任何一天《晚报》不发照片，这个城市某个地方就会发生爆炸。严良与专案组讨论后，决定将计就计，采用限量发售、定点投放报纸的方式，引蛇出洞。严良和林玥婷从江阳开始查起，在他的遗物里发现了侯贵平的身份证复印件。
第3集
同学李静的拜访打破了江阳原本平静的生活，她的前男友侯贵平就在两年前支教的山区，“强奸妇女，畏罪跳水自杀”。可是死者的胃里只有150ml积水，完全不符合“落水溺毙”的特征。在吴爱可的强力支持下，年轻的检察官江阳开始着手调查，在平康县公安局却被大队长李建国来了个下马威。后来江阳找到这个案件的法医陈明章，从他手里拿到了侯贵平的尸检报告，才了解背后不为人知的秘密。张晓倩收到神秘人寄来的第二张照片，立刻交到专案组，从拼图来看像是在夜晚偷拍，是“丽景酒店”的外景。警方派人取回了三封匿名信件，从信封上只提取到了女记者张晓倩和她同事的指纹，通过邮戳回查，发现都是从一个小巷的邮筒寄出，没有监控录像可查。大队长任玥婷带手下前去蹲点。当晚，她意外发现，另一股势力也介入此案，同样在搜寻这个寄匿名信的人。
第4集
由于侯贵平案没有新的证据，平康县检察院不予立案，丁检察长个人支持江阳继续查下去。严良再访李静，李静把侯贵平案的原委告诉了他。十年前，侯贵平到苗高乡支教，那时候他还是李静的男友。一天傍晚，侯贵平亲眼目睹了当地工厂女工翁美香被当地流氓岳军带走，第二日翁美香就被发现晕倒在女厕所，经检查服用了敌敌畏，抢救无效死亡。在读过翁美香的日记后，侯贵平得知她的自杀另有隐情，当即去平康县公安局报警。李静拜访侯贵平，两人亲热时，岳军闯入，原来他得知了侯贵平报警之事，两人一番打斗，引来不少村民围观。侯贵平不得不私下调查这起案件，侯贵平在日历上圈出“10月25号”这个日期，他照了照镜子里的自己，出了宿舍门。
第5集
侯贵平遇害当晚，从照相馆刚回村庄，黄毛就带着酒菜前来道歉。两人几杯酒下肚，岳军把钱摆到侯贵平面前，说只要不再上告，要多少钱开个数。侯贵平把岳军轰出门外，回屋后把剩下的酒喝完，站在学校空旷的操场上，想起翁美香当时求救的眼神，自责和内疚让侯贵平失声痛哭。侯贵平正准备睡觉，当地声名狼藉的寡妇丁春妹敲门借热水。这一幕被看完露天电影回家的李雪无意中看到第二天，他的尸体在湖里被发现。江阳独自查案，毫无线索，又接连受到恐吓，考虑放弃。在陈明章的推荐下，号称“平康白雪”的刑侦副队长朱伟也参与进来，他告诉江阳，很多年前接到过一个匿名电话，说侯贵平是被人冤枉的。
第6集
江阳和朱伟组成二人组，他们从“受害人”寡妇丁春妹开始走访。二人来到苗高乡丁春妹家，发现了一个管她叫“妈妈”的男孩，而丁春妹既没有再婚也没有领养孩子，朱伟提出质疑后，丁春妹打了几个电话，不一会儿黄毛就出现了。江阳继续在小卖部询问丁春妹，朱伟则把黄毛锁到了车里，丁春妹很快交代了黄毛给她一万块钱让她诱惑侯贵平和自己发生关系，当被问到侯贵平真正的死因时，黄毛从车里挣脱出来让丁春妹什么都不要说，询问中断。
第7集
严良安排专案组的同志全城搜寻朱伟的影子。朱伟执行其他任务回来，和江阳再次来到丁春妹家，却发现丁春妹失踪了，并在现场发现了血迹。他们立即去抓黄毛，通过他套出背后的李建国，牵扯出当地知名上市公司卡恩集团董事长--孙传福。朱伟和江阳带着一群警察来抓胡一浪和卡恩集团总经理孙传福，因为手续不全，审讯不了了之。严良和任玥婷着手调查烂尾楼爆炸案，为什么爆炸会发生在卡恩集团的烂尾楼盘上呢，这件事情跟卡恩集团又有什么关系，在小吃摊上，严良想明白了第一次爆炸案的原理。于此同时，严良和小马在垃圾处理厂找回了案发现场的老年扶手，通过内部的生产日期发现，张超父母家的老年扶手竟然是2009年6月才生产的。
第8集
案情就只剩下岳军一条线索了，江阳和朱伟赶到苗高乡，没想到路上正碰到胡一浪等人要杀人灭口，二人合力救下岳军，他最后终于道出实情。原来，黄毛一直在替卡恩集团物色年轻姑娘，侯贵平发现了这一秘密，并掌握了卡恩集团胡一浪等人性贿赂的人员名单和照片，也因此招致杀身之祸。朱伟用手机在车上给岳军录了音，并带回局里准备审讯，李建国和岳军的律师却闻声赶来。朱伟与李建国发生冲突，最后被送去警校进修三年。严良提审张超发现，张超父母在2008年就去世，那为什么会在2009年安装老年扶手呢。江阳不愿再拖累女友，毅然和吴爱可分手。曾经的老师张超和李静订婚，也告诫江阳不要再把李静卷入此案。至此，江阳只剩自己一人。
第9集
顾一鸣在搜寻朱伟的过程中与他擦肩而过。第五张照片出现。因为开枪威胁岳军被送到警校进修三年的朱伟终于出来了，三年时间变化太多，江阳要结婚了，陈明章辞职去江市创业，大家感慨唏嘘。江阳突然得到一个重要线索，刚刚逮捕的一个叫何伟的混混为了减刑，举报王海军当年杀掉一名苗高乡妇女后弃尸山后废井。这名妇女很可能就是当年失踪的丁春妹。在朱伟的配合下，他们果然发现尸体，嫌疑人王海军也被抓捕归案。朱伟和江阳喜出望外，没想到李建国强行把人带走，王海军在审讯过程中蹊跷死亡，死亡原因是“低血糖休克猝死"。江阳赶到太平间检查尸体，在陈明章的指点之下，在死者的脖颈处发现新鲜的针孔，初步断定是注射过量胰岛素致死。金钱作用下，王海军的家属拒绝尸检，尸体被火化。唯一的证据又被销毁。
第10集
江阳怕自己连累孩子和妻子，选择离婚。一天，胡一浪把江阳请到某高档酒店包厢，先后想用金钱和美色让江阳停止调查，全部被江阳拒绝，却被隐藏的相机拍下，再后来胡一浪派人在江阳家里藏了三十万现金，污蔑他索取贿赂。张超担任了江阳的辩护律师，辩护失败，江阳因此入狱三年。出狱后，陈明章帮江阳开了一家手机修理铺维生。一天吴检察长拜访，交给了侯贵平当年留下来的性侵名单和几张照片。江阳，朱伟和陈明章三人小聚，江阳发现自己的钱包没了，触景生情，想到了这些年来经历的种种事情，缩在角落里嚎啕大哭，一阵剧烈的咳嗽之后，发现自己吐了血。
第11集
本该刊登匿名照片的报纸迟迟没有发刊，负责运输报纸的车辆被人劫持。晚间，照片被上传到《江潭晚报》论坛，严良站在有可能发生爆炸的地图前冥思苦想，最后敲定了卡恩造纸厂，专案组及时赶到，避免了一场爆炸事故。严良终于在东湖水站找到了背后寄匿名信的人朱伟，得知参与计划的除了张超、陈明章，还有张晓倩。朱伟在一个废弃仓库里被发现踪迹，带到警局后，在他的请求之下，省高检同志悉数到场。朱伟说过去的十年，我们几次都无比接近真相，但是机会又都一个一个丧失了。接着他在众领导面前公布了九宫格的完整照片，黑势力集团和受害者慢慢呈现。
第12集
严良保护张晓倩回程路上，卡恩集团死到临头，仍不惜一切想要绑架张晓倩。警方与其展开激烈斗争，最终捕获全部犯人，成功护送人证。最后，张晓倩出现在众人面前，铁证如山，真相大白。江阳出狱后被查出肺癌晚期，内心不甘，为了能让侯贵平案翻案，于是跟朱伟，陈明章，李静，张超，张晓倩联合上演了一场"谋杀抛尸案”，目的是想引来高规格调查组的介入，通过法律途径将恶势力绳之以法。江阳实际上是在陈明章的协助下，通过老年扶手机器自杀。警方展开全面抓捕行动。
