《法医秦明2清道夫》以法医秦明的视角展开，讲述了其与法医助理陈诗羽、刑警队大队长林涛组成的黄金组合携手其他警官屡破要案的故事！主线案件(就是第一集贯穿到最后一集的案件)就是清道夫案件，清道夫会鲨一些罪恶缠身的人，百般折磨后留下清道夫三个字。其中伴随一些小案件(基本两集破案)，在逐步破解清道夫的同时也在破解其他案子！
第1集
林涛到车站接新晋女法医陈诗羽，两人还未来得及回到局里报告就接到命案通知，临时赶赴案发现场。一位工厂女工在浴室洗澡时遭遇杀害，现场残留的大量积水严重增加了警方取证的难度，但秦明很快就根据花洒供水管之间的温差，以及尸体上的细节找到了案件的突破口。陈诗羽第一次见识到自己上司名不虚传的专业功力，坦然地接受了来自高手的冷遇。
第2集
林涛紧追疑犯高高的行径路线，找到了他极有可能二次作案的据点，当他用最快的速度赶到时，凶手已不见踪影，取而代之的是一具穿着女士内衣，披头散发的尸体被吊挂在废弃的缆车轨道上。桌上的大喇叭仍然在播放着凶手设定好的交响乐，死者食指丢失，尸体下方是大摊血迹，“清道夫”三个血字赫然印在油桶上。
第3集
别墅区发生了一起惨绝人寰的灭门案，幸存者苗正痛失妻儿，同时命丧豪宅的还有他的丈母娘和家中保姆，精神受创的苗正被送进医院。陈诗羽随秦明出勘现场，在看到最小受害者苗苗的尸体后，情绪失控。林涛根据法医提供的线索以及监控录像，锁定疑犯目标为死去的豪宅女主人俞莉丽的情夫刘亚峰，但是，此刻的刘亚峰却是人间蒸发，无迹可寻。
第4集
眼看着针对刘亚峰的追捕行动陷入僵局，秦明主动和死者家属苗正进行了简短的会面对话，得到意外启发。三人小组重返案发现场，陈诗羽凭借个人细致入微的观察力发现了俞莉丽卧室内血液分布的疑点，通过还原案发现场，确认案发当时，俞莉丽卧室内还有第三人存在。秦明则很快找到了“第三人”在卫生间留下的致命证据，灭门惨案的凶手最终落网。
第5集
不良药商刘政死于仓库，尸体腐烂多日后才被人发现。秦明和陈诗羽当场验尸，发现死者食指经过专业手法的切割已经丢失，现场留有“清道夫”血字，在死者的嘴里发现凶手留下的考题，种种迹象表明，刘政的死亡同高高案一样，并不只是个例。清道夫专案小组正式成立。秦明通过解剖化验得到的信息，刘政死亡时间是在15天以前，然而林涛在调查中发现，7天前还有不少人见到过刘政，同时林涛还调查出了一名与刘政有着严重经济纠纷的嫌疑人胡毅。
第6集
随着胡毅的醒来，刘政死亡当天发生的事情逐件揭开迷雾。通过秦明死亡时间的最终确认，以及林涛的相关调查，警方确认胡毅并不是杀害刘政的凶手，真正的凶手仍然无迹可寻。清道夫利用药物的作用制造出尸体死亡15天以上的假象，并再次在尸体上留下难以破解的谜题，让秦明警惕的意识到，他正面对的可能是一个在医学和解剖学上完全不逊于他的强劲对手。这一点，当秦明成功解开凶手留下的蝇卵谜题后，再次得到了证实。
第7集
秦明三人受邀到交警大队处理一起离奇的交通事故，肇事嫌疑人是知名电视台主持人黑米。然而面对焦林全身都是死后伤的尸体秦明也没能在第一时间找到死因。为了缓解连续数日高度工作的压力，陈诗羽借机邀请秦明和林涛到家中做客，三人感情增进。就在警方对黑米提供的证词进行深入调查时，死者的妻子薛齐前来自首，详细讲述作案过程。秦明通过焦林尸体的二次尸检确认焦林死因，同时发现事情并不像薛齐所陈述的那样。
第8集
小区电梯间连续数日传来恶臭，电梯维修工视检情况发现有女鬼悬于电梯井内。秦明三人组来到现场后发现并非什么女鬼而是一具死状诡异的女尸被悬挂在电梯井内的缆绳上。通过对死者周静住宅的调查，他们发现周静家中无论是大门还是室内布置都设有很多小机关，似乎死者生前一直在提防某人。秦明通过解剖尸体发现多种不同形态损伤，推断电梯井并非第一案发现场，最终找疑犯。然而，在随后的追踪调查中，警方却挖掘出越来越多周静生前令人匪夷所思的行为，案件变得扑朔迷离。
第9集
龙番公安局接到报案，桥墩下烧死了一个人，报案的是住在船屋里的人，没什么有用的线索，周边的脚印已经被围观的群众破坏了。林涛和秦明盘问了报案者和附近的船主再加上尸检，大致可以判断死者是被船锚击打头部后套上轮胎进行焚烧的。死者右手的食指被整齐地切割掉，并在墙上写了“清道夫”三个字，显然又是一起“清道夫”系列案。
第10集
步教授上着课又沉浸到往事之中，想当年赵良撞死心瑶肇事逃逸，却因为认罪态度好并愿意做出经济赔偿仅被判有期徒刑十年，这事在步教授心里一直是一根刺无法自拔。韩教授看出步教授的异常主动让他提前下课。秦明向林涛索取赵良交通肇事案的卷宗，林涛趁机告诉秦明，赵良很有可能和张军的死有关，张军死前一天赵良出狱了。
第11集
为确认心中所想，秦明决定去找赵良的妻子重新了解七年前步心谣的车祸事件，然而赵良妻子对于此事避而不谈。陈诗羽利用个人亲和力，巧妙地和赵良女儿进行沟通从而获得重要信息。在陈诗羽的精神鼓励和行动支持下，秦明终于敞开心扉，向她讲述了他和步心谣的这段往事。
第12集
韩天峰因为见义勇为之举被人贩子背地里围殴教训，幸好刘杰明路过将他就救走，但也正是因为韩天峰的举动引起了朱老六团伙的警惕，当小可藏在花中“救救我”的字条被陈诗羽发现后，她和秦明再次回到桥上，却扑了空。
第13集
在医生的全力救助下朱老六的妻子终于醒来，作为清道夫案目前唯一的目击证人，更是为了确保失踪孩童的安全，警方必须想尽办法从朱妻口中得到更多的信息。然而朱妻已双目失明，双耳失聪，甚至被清道夫拔去了舌头，能够勉强留存一口气已是万幸。但是秦明利用高超的医学手段和极为缜密的问询方式成功获得碎片化信息，随后通过还原案发现场，整合案件反复论证，秦明得出了一条至关重要的线索，清道夫一案至此有了重大突破。
第14集
就在警方盯着他们目标中锁定的清道夫嫌疑人时，清道夫案件再次发生，这次是更加残忍的碎尸案，让警方始料未及。秦明通过尸检发现，死者的尸体经过极速冷冻后才被分尸，之后被分别包扎扔在这片废弃的工厂里，林涛又根据这种特殊的包扎手法大大缩小了排查范围。综合笔迹鉴定，法医解剖和现场环境信息，秦明最终确认这个碎尸案并非清道夫本人所做。林涛在这时候接到了一通电话，电话那头表示，他亲眼看到了杀死张军的凶手。
第15集
刘杰明和刘政的关系被警方发现，又因多次与清道夫案有交集，被警方列为重点观察对象之一。陈诗羽完全无法接受这个事实，于是和秦明攒下饭局对刘杰明进行试探。林涛通过细致的排查追踪到酿酒厂碎尸案凶手的根据地——肉联厂冷库，然而他没有想到的是，真正的清道夫也已经潜入冷库，试图杀死这名犯人。
第16集
随着对清道夫案越发深入的调查，刘杰明的嫌疑被逐渐排清，而一直在秦明心中被列为头号嫌疑人的韩天峰终于浮出水面。根据秦明曾经私下对他做过的调查，再结合现在得到的韩天峰过往的相关信息，秦明心中已有判断，奈何就是没有证据。就在林涛将韩天峰抓到警局审问时，清道夫案再次案发。
第17集
林涛给秦明拿来了步教授的证据，在张军捐赠当天的录像里，林涛找到了步教授散会之后和张军的接触，而步教授却在林涛询问的时候撒谎并未见过张军，陈诗羽认为或许步教授不说是另有隐情，秦明要求见一下步教授，林涛允许了。秦明来到龙番大学找步教授，步教授和秦明畅聊，认为秦明毕业后所有的精力都在工作上，应该趁着年轻都走多看，还有很多未知的世界需要了解，秦明认为步教授也是这样的的，步教授却说他不一样，他已经是行将就木等死的年级了，也不奢望别的，因此工作就是他的全部，步教授问秦明今天来找他的真正原因，秦明没有说别的，只是希望能跟步教授出去走走，爬爬山，步教授欣然前往。在山上，步教授告诉秦明九八年的洪水，妻子为了救别人被洪水冲走了，步心瑶当时才十岁，承担了所有的家务，和步教授相依为命，步心瑶就是他的全部。步教授怎么也没想到步心瑶会离开他，从步心瑶死去他所有的生活都改变了，秦明的思绪也回到了之前和步心瑶来爬上的情形，秦明失望没能爬到山顶，而步心瑶则认为山顶的风景和这里的风景不一样，爬上山顶还希望去更高的山顶，这里就能让人心旷神怡，怪不得步教授经常来这里，希望以后能和步教授一起来这里。秦明回过神来，告诉步教授他和步心瑶曾经交往过，步教授没有任何的吃惊，表示自己早就知道了，秦明追问步教授究竟为什么，步教授知道秦明说的是什么，但是却并未直接回答，而是告诉秦明任何事情到达一定的时间都会水落石出。林涛来找了唐思思问她为什么清道夫会寄视频给她，唐思思表示自己不知道，林涛追问韩天峰是不是她的男朋友唐思思没有否认，但是他也好几天都没有见到韩天峰了，唐思思没有撒谎，的确找了很多次韩天峰，韩天峰在房间门口坐着都没有开门。韩天峰来找李伟宏通知他立刻收拾一下东西，需要转移地方了。与此同时，赵军来找步教授问他胡律师的死是不是他做的，步教授没有回答，而是拿出自己的银行卡交给赵军，并告诉赵军这里面是他一辈子的积蓄，这个钱是留给小雨的，希望赵军能将小雨培养成人，尽一个父亲该尽的义务，同时也给赵军找了龙番汽修的工作，让他从学徒做起，有了手艺就能养活小雨，赵军询问步教授为什么要这样对他好，步教授表示他是对小雨好，不是对赵军，而且也明确告诉赵军自从埋葬了步心瑶以后其实他的生命就已经结束了。步教授叫来韩天峰，约他下班之后到江边走走，韩天峰却声称有事推却，步教授抓住韩天峰看着他的眼睛语重心长的让他推掉其他事情，今天他就想让韩天峰陪着，韩天峰答应了。晚上，韩天峰送来了胡律师一案清道夫的笔迹鉴定，正要离开之时，秦明叫住韩天峰询问是否是他发现了李伟宏一案的鉴定笔迹异常，韩天峰淡然表示那是他应该做的，之后就离开了警察局。步教授带着韩天峰来到江边，问韩天峰这个地方是否能让他想起点什么，步教授有些感伤，认为自己教了一辈子的法律书，没想到自己却越过了法律的界限，并认为是他连累了韩天峰，韩天峰却说步教授作为一个父亲没有错，而他能帮步教授也没有错，步教授希望韩天峰能去自首，韩天峰却认为他们没有错，错的是张军和胡律师，同时也告诉步教授其实那天张军并没有死，让步教授不要有心理负担，韩天峰承认是他杀了张军，而他做的一切都是心甘情愿，步教授在韩天峰的心里就像是父亲一样，步教授劝韩天峰去自首，并认为这件事瞒不住了，林涛和秦明已经开始怀疑他了。韩天峰表示他不会去自首的，因为怀疑也没有用，他们没有证据，步教授却说他去自首，韩天峰叫住了步教授，让步教授不要去自首。韩天峰来找唐思思，告诉唐思思他想她了，唐思思却吓的掉头就跑。
第18集
次日，警察赶往江边，步教授惨死在江边，手上食指被切断，秦明看到步教授的尸体心碎欲裂，伤心大哭。警察在步教授的住处找到了录音材料，那是张军捐款仪式之后，步教授约了张军来家里喝酒，故意聊到了喝酒之后一旦发生命案很麻烦，而张军则仗着自己财大气粗，钱可以解决一切的问题，花钱找人顶罪就行，步教授一步步的让给张军说出了当年害死步心瑶找人顶罪的事情，并要求张军去自首，张军坚持不肯自首两人发生争执，步教授用自己的奖杯打向了张军的头部。秦明一直因为步教授杀人，步教授的死而萎靡，陈诗羽劝秦明想开点，关键是找出真正的杀人凶手，并认为没有秦明她一个人做不来，秦明终于抬头看向了陈诗羽。韩天峰失踪了，林涛找到唐思思了解情况，唐思思只是流泪，却一句话也没有说，林涛见状只好先离开，并叮嘱唐思思有情况一定要第一时间汇报，否则没有人能帮她。秦明和陈诗羽对步教授的尸体进行解剖检查，与此同时，林涛接到了步教授的信，承认是他杀了张军，并认为自己事后不主动认错给侦破工作带来困扰表示道歉，步教授表示自己愿意在法律面前接受一切的审判，法律面前人人平等，林涛流下了眼泪。秦明和林涛一直查找韩天峰的下落而不得知，秦明忽然想到了查阅韩天峰母亲韩雪的档案，发现韩雪是自杀，她的丈夫何光宇是交响乐团的小提琴手，住在交响乐团的宿舍，于是赶往小剧团了解情况，看大门的老门卫告诉秦明何光宇十多年前打架斗殴被抓紧监狱，前两年被放出来了，按照门卫提供的主治秦明和林涛带着警察冲进去，发现里面没有人，只有一个硕大的鱼缸，还从里面找出了女人的红衣服和假发，墙上还有目标人物的照片，在一堵墙里发现一个塑料的包裹的物品。韩天峰突然被人从后面打晕，等醒来的时候发现自己被绑在椅子上，韩天峰看见对面站着手持手术刀的刘杰明，知道刘杰明想要杀了他，故意告诉刘杰明陈诗羽在他的手上，并要刘杰明给陈诗羽打个电话试试。刘杰明激动的追问韩天峰陈诗羽在哪里。陈诗羽被唐思思打电话约了出去，唐思思诉说了她和韩天峰分手的事情，并且表现的对韩天峰的不舍，陈诗羽劝唐思思不要执着，因为韩天峰是全国通缉犯人不值得她去爱，之后，唐思思和陈诗羽分开，陈诗羽往回走的路上却被人从后面捂住嘴带走了。
第19集
有人来找林涛，向他汇报了步教授地毯上的血渍DNA鉴定结果就是张军的，说明步教授就是最大嫌疑人，与此同时警察内部调查进度的消息不胫而走，舆论闹的沸沸扬扬，谭局长为了平息事态拿着步教授的认罪书召开媒体发布会宣布了这个结果。龙番大学的校长也向媒体宣布开除步教授和韩天峰，不能让害群之马危害大众。秦明给步教授举办追悼会，可是由于步教授是凶手的事情被渲染出去，没有人来缅怀步教授，只有林涛带着几个警察来到，坚信步教授是冤枉的，赵良忽然出现在了追悼会上，跪在地上给步教授磕头，同时也告诉秦明和林涛步教授不是凶手，他曾经亲眼看见有人杀了张军，秦明表示他知道，赵良认为只是他们知道还不够，要让大家都知道，主动提出自首。陈诗羽一直没有出现，家里也已经二十四小时联系不上她了，林涛显得非常着急，秦明一直在拼凑之前从韩天峰住处搜出来的一包东西，那是韩天峰父亲的骨骸，秦明拼凑时候表面上似乎无比的淡定，林涛忍不住责怪秦明一点不知道着急，秦明表示自己着急，可是步教授曾经说过你乱了对方就稳了，可是你稳了对方就乱了，从骨骸上秦明断定韩天峰的父亲不是失踪，也不是自杀，而是被谋杀了，手段和现在的清道夫一样，说明韩天峰亲手杀了自己的父亲，而韩天峰每次杀人都会穿上和母亲跳楼时候穿的一样的衣服，由此秦明断定韩天峰杀人只是寻求一种安全感，当初杀了父亲他获得了莫大的安全感，但是随之而来的也是负罪感，他的思维也停留在了母亲去世那年，现在的韩天峰心理年龄也不过是个孩子，为了减轻负罪感，韩天峰每次杀人都会找一些理由证明那些人该死，只有步教授是一个意外，因此秦明告诉林涛母亲能做的就是等，等到韩天峰找上门来，韩天峰内心的负罪感一定驱使他来找秦明，将一切的罪孽推到秦明身上。秦明话音刚落，韩天峰就带着一个礼物盒来到警察局，并当场表示自己是来自首的，而且不回答任何问题只要求见秦明一个人，秦明打开盒子一看发现里面全部都是被害者的手指。秦明质问韩天峰为什么杀步教授，韩天峰却指责一切都是秦明逼的，秦明不再争辩，接着询问陈诗羽的下落，韩天峰提出要一辆车一起离开，否则就要了陈诗羽的命，在外面的林涛深知韩天峰多疑，于是安排人提前准备了两辆带有GPS的车辆，韩天峰果然选择了警察未指定的那一辆车。韩天峰答应隔一个小时就会给秦明传送一次陈诗羽的视频，证明陈诗羽还活着，根据视频内容的环境，林涛安排人调查了附近所有的厂房和废弃服装厂，都没有发现陈诗羽的踪迹。陈诗羽悄悄割断绳子，跑到了被抓的刘明杰跟前，询问他为什么被抓，刘明杰回忆当时抓住了韩天峰，韩天峰却用陈诗羽的命来威胁刘明杰束手就擒。
第20集
陈诗羽解开了刘杰明的绳子，两人在房间里寻找出路，陈诗羽询问刘杰明是不是早就知道了韩天峰是清道夫，刘杰明点头，陈诗羽责怪刘杰明不肯早点报警，否则也不会有这样的事情发生了，并问刘杰明是否知道在哪里，刘杰明告诉陈诗羽他跟着韩天峰来的，这里是龙番第一棉纺厂，陈诗羽祈祷林涛能看懂她的意思。林涛仔细的比对观察陈诗羽的视频，发现陈诗羽虽然是在向秦明求救，但是目光却停留了三个不同的位置，有摄像头，还有拍摄者，最后一个却转向了一边，面露担忧之色，因此怀疑第三个目光看的是同样失踪的刘杰明，并认为刘杰明去找韩天峰就是为了报刘政的仇，刘政是刘杰明的亲生父亲。于是，随后命人追查刘杰明的车都去了哪些地方。韩天峰带着秦明来到了之前步教授去世的地方，秦明再次提出要见陈诗羽，韩天峰带着秦明坐上了另一辆准备好的车离开，秦明摘下手表偷偷调了日期九月31日扔在地上，当林涛带人赶到发现了手表，推测这个日期就是车牌号。随后，林涛命人排查厂房的同时寻找车牌号。陈诗羽和刘杰明试图要逃跑，却被及时赶回来的李伟宏发现，两人未能逃走。韩天峰带着秦明去见了被李伟宏绑架的陈诗羽，同时拿出了步教授的手指给秦明，并将当初捅死步教授的刀子也递给秦明，要秦明捅他成为他，秦明拿着手指反问韩天峰是不是缺少了他父亲的手指。韩天峰陷入了回忆，当初父亲来到学校找韩天峰，一听说韩天峰改了名字，父亲怒打了韩天峰，并伸出食指指着韩天峰，要他立刻把名字改回来不能跟随那个婊子的姓，也正因为如此韩天峰怒杀了自己的父亲。秦明直指韩天峰的内心，认为他所为的正义感，只是扭曲的正义感，因为步教授视他如亲人，可是他也杀了步教授。韩天峰露出了极度痛苦扭曲的脸。与此同时，林涛想起韩天峰的母亲曾经在棉纺厂工作，慌忙带人跑去棉纺厂，发现了被砍伤在地的刘杰明，命人将刘杰明送去医院。楼上的天台，李伟宏欲杀陈诗羽，秦明冲过去和李伟宏搏斗，一旁的韩天峰悠闲的看着这一切，并提醒李伟宏不要忘了规则，正当李伟宏要杀掉秦明的时候，韩天峰一锤子砸下去杀了李伟宏，并再次说了规则二字，在韩天峰的心里或许一直以为自己就是伸张正义的人，韩天峰杀了李伟宏冲着秦明一笑，秦明要求韩天峰去自首，韩天峰却转身从楼上跳下去，秦明扑过去紧紧抓住了韩天峰，并劝韩天峰为自己死去的母亲和唐思思考虑一下，韩天峰让秦明放手，否则两人都会掉下去的，秦明非但没有放手，反而用手铐将两人的手连在一起。林涛及时赶到救上了二人，并解开了陈诗羽。秦明给韩天峰的母亲韩雪上坟，在韩雪的墓碑前发现了一捧枯萎的鲜花，墓碑前的香炉里找到了韩天峰父亲的手指。陈诗羽回到警局，看到每一个人都在忙，但是也都欢迎陈诗羽的归队，林涛正一如既往的大声审讯犯人。陈诗羽来到解剖室，看到了那个熟悉的身影，此时秦明酷酷的声音传来，要陈诗羽赶紧准备一下解剖，同时也告诉陈诗羽现在这个案子比之前的都要复杂，并转过头看着陈诗羽告诉她没有她，他一个人做不来，陈诗羽眼泪瞬间流下来，嘴角却还带着笑。法律是自由的界限，亦是正义的化身。这世界上，没有任何一个人可以凌驾于法律之上，审判他人的生死，以暴制暴。清道夫，清的走垃圾却清不掉人性的罪恶。唯有法律才能允世人以公正，护世人以周全。
